Né en 1933 à Satigny, Charles Bonnet grandit dans une famille de viticulteurs. Il suit donc naturellement une école d’agriculture puis de viticulture. Au terme de sa formation de vigneron, il passe plus d’une année en Amérique du Sud. La visite de sites et la participation à des fouilles déclenchent sa passion pour l’archéologie. Rentré en Suisse, il accepte de reprendre le domaine viticole familial, mais ne renonce pas pour autant à entreprendre les études universitaires qui le conduiront à monter, avec quelques amis, un chantier de fouilles au Soudan. Jonglant ainsi avec plusieurs vies parallèles, il commencera à peu près en même temps une carrière d’archéologue cantonal à Genève.